【GCModeller】Docker镜像开发记录

GCModellerLinux运维开发笔记
谢桂纲 -
1:14 AM
估计阅读时长: 2 分钟

Docker镜像信息

GCModeller以R#语言的软件包的形式提供给客户使用，相应的R#语言的分析环境以Docker镜像的形式进行打包盒发布，Docker的基础镜像为ubuntu 22.04。

dotnet环境：.NET 6
R#语言安装位置：/usr/local/bin
R#程序包安装列表：

索引 包名称 Github
1 GCModeller https://github.com/SMRUCC/GCModeller
2 REnv https://github.com/rsharp-lang/R-sharp
3 ggplot https://github.com/rsharp-lang/ggplot
4 WorkflowRender https://github.com/rsharp-lang/WorkflowRender
5 CellRender https://github.com/SMRUCC/cell-render
6 Erica https://github.com/SMRUCC/Erica

开发环境：Windows Server 2022/WSL2/Docker Desktop

第三方软件安装

在镜像中有第三方软件依赖：

1. NCBI blast+

用于细胞网络结构的同源建模

# /opt/ncbi-blast-2.14.0+

2. meme suite

用于全基因组转录表达调控网络的建立，安装命令记录：

# export PATH=/opt/meme/bin:/opt/meme/libexec/meme-5.5.2:$PATH
./configure --prefix=/opt/meme --enable-build-libxml2 --enable-build-libxslt
# run test
/opt/meme/bin/meme ./upstream_locis.fasta -dna -revcomp -pal -mod zoops -minw 6 -maxw 30 -nmotifs 1000 -evt 1 -minsites 6 -p 16 -maxsize 0 -oc ./meme

3. open mpi

安装Open MPI应用于第三方组件的并行计算环境，在这个镜像之中是直接通过Ubuntu自带的软件源进行安装：

apt-get install openmpi-bin
# for fix the problem:
# fatal error: mpi.h: No such file or directory #include <mpi.h>
apt-get install libopenmpi-dev
谢桂纲
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  2. 谢博，您好。阅读了您的博客文章非常受启发！这个基于k-mer数据库的过滤框架，其核心是一个“污染源数据库”和一个“基于覆盖度的决策引擎”。这意味着它的应用远不止于去除宿主reads。 我们可以轻松地将它扩展到其他场景： 例如去除PhiX测序对照：建一个PhiX的k-mer库，可以快速剔除Illumina测序中常见的对照序列。 例如去除常见实验室污染物：比如大肠杆菌、酵母等，建一个联合的污染物k-mer库，可以有效提升样本的纯净度。 例如还可以靶向序列富集：反过来想，如果我们建立一个目标物种（比如某种病原体）的k-mer库，然后用这个算法去“保留”而不是“去除”匹配的reads，这不就实现了一个超快速的靶向序列富集工具吗？ 这中基于kmer算法的通用性和扩展性可能会是它的亮点之一。感谢博主提供了这样一个优秀的思想原型

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