估计阅读时长: 7 分钟https://github.com/xieguigang/mzkit SMILES字符串是一种在计算化学领域内使用线性ASCII字符串描述一个具有空间立体结构的分子结构所使用的一种语言规范。因为在工作中会需要使用到SMILES字符串做一些分子结构相关的数据建模分析，所以编写了一个很方便的用于SMILES字符串解析操作的模块，在这篇文章中为大家讲解具体的工作原理。 Order by Date Name Attachments science-connection-structure-with-molecules-simple-modern-white-background-illustration_46577-719 • 36 kB • 513 click 2021年6月9日abstract-molecules-structure-with-connect-spherical-particles_46577-689 • […]
估计阅读时长: 2 分钟https://github.com/xieguigang/mzkit 在BILIBILI上观看视频：《【BioNovoGene Mzkit教程】代谢组学原始数据处理基础》 Order by Date Name Attachments profile_videocard • 211 kB • 512 click 2021年5月29日metabolims […]
估计阅读时长: 4 分钟根据工作的需要，我为R#脚本解释器添加了一个符号计算的功能，这个符号语言特性在进行一些化学信息学分析的时候会非常有用。例如，我们在分析一些天然产物的质谱数据的时候，会需要通过母离子减掉一些糖来进行中性丢失的计算，基于中性丢失计算来进行一些解谱分析操作。在这个过程之中，化学式符号计算就可以派上很大用场了。假设我们有一个天然产物Cyanidin 3-glucoside-5-(6-p-coumaroylglucoside)，从名称我们就可以看出这个天然产物是由一个Cyanidin母核，加上两个葡萄糖以及一个coumaroyl基团构成。这个天然产物的分子化学式为C36H37O18，那现在我们将这个化学式输入到R#解释器之中，按下回车就可以很清楚的了解到这个化学式的元素构成 > C36H37O18 757.1979802 (C:36, H:37, O:18) 如果想要使用这个特性，需要在R#终端上导入mzkit程序包模块：imports "formula" from "mzkit"; Order by Date Name […]
Hello blogger, thank you for sharing this post! We process a large number of metagenomic samples, and every time we…
谢博，您好。阅读了您的博客文章非常受启发！这个基于k-mer数据库的过滤框架，其核心是一个“污染源数据库”和一个“基于覆盖度的决策引擎”。这意味着它的应用远不止于去除宿主reads。 我们可以轻松地将它扩展到其他场景： 例如去除PhiX测序对照：建一个PhiX的k-mer库，可以快速剔除Illumina测序中常见的对照序列。 例如去除常见实验室污染物：比如大肠杆菌、酵母等，建一个联合的污染物k-mer库，可以有效提升样本的纯净度。 例如还可以靶向序列富集：反过来想，如果我们建立一个目标物种（比如某种病原体）的k-mer库，然后用这个算法去“保留”而不是“去除”匹配的reads，这不就实现了一个超快速的靶向序列富集工具吗？ 这中基于kmer算法的通用性和扩展性可能会是它的亮点之一。感谢博主提供了这样一个优秀的思想原型
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确实少有, 这么高质量的内容。谢谢作者。;-) 我很乐意阅读 你的这个技术博客网站。关于旅行者上的金唱片对外星朋友的美好愿望，和那个时代科技条件限制下人们做出的努力，激励人心。